Se o jogador decidir encontrar Magnus, Jesse, Axel e Reuben voltarão para o Nether e chegarão a um portal que os leva a "Boom Town", uma aldeia invadida por griefers. Jesse, Axel e Reuben mal escapam da investida pelos griefers, chegando ao esconderijo de Magnus. Eles falam com Magnus sobre sair para salvar o mundo, no qual Magnus concorda relutantemente, mas apenas se Jesse o batê-lo no Death Bowl, onde os griefers enfrentam Magnus com o prêmio de se tornar o rei da Cidade Boom. Jesse mal ganha o Death Bowl, permitindo que Magnus venha junto com eles. O Wither Storm chega e destrói a cidade de Boom, forçando Jesse, Axel, Reuben e Magnus a retirarem de volta ao templo através do Nether.
Da mesma forma, se o jogador decidir encontrar Ellegaard, Jesse, Olivia e Reuben retornarão ao Nether e chegarão a um portal que os leva a "Redstonia", que é rotulado como "capital da engenharia". Jesse trabalha com um repetidor ou rouba um dos instrumentos da Disco Mickey e reativou os controles de escada, levando-os ao "Dome of Concentration" da Ellegaard. No interior, eles conhecem Ellegaard, que tentou criar um bloco de comando por mais de 6.451 vezes <! - literalmente! ->. Ela se surpreende ao ver Jesse e Olivia e pensa que Calvin os enviou aqui. Jesse interrompe, dizendo que Gabriel o enviou aqui, e ela se lembra da Ordem antes de se separarem. Jesse, Olivia e Reuben concordam em ajudá-la a criar um bloco de comando. Na terceira tentativa, Ellegaard acha que o bloco de comando está desestabilizando, mas o Wither Storm chega e destrói a Redstonia, forçando Jesse, Olivia, Reuben e Ellegaard a recuar para o templo através do Nether.
Chegando de volta ao templo, Gabriel ou Petra cumprimentá-los <! - depende de quem você salvou do primeiro episódio. Não mude ->, e os amigos de Jesse tentam encontrar Soren. Ivor aparece no mapa, chocando os amigos de Jesse e a Ordem. Todos concordam em detê-lo antes que ele chegue ao esconderijo de Soren. O jogador decide se vai encontrar Ivor de noite ou de manhã, e eles vão para o templo de Soren. No templo, Ellegaard e Magnus causam um estrondo em relação a quem deve parar o Wither Storm, e ambos seguem seus caminhos separados. Jesse decide se deve ir com Ellegaard ou Magnus, e Gabriel ou Petra acompanham Jesse para falar com ele sobre uma maneira particular. É revelado que Gabriel ou Petra obtiveram "Wither Sickness" da Wither Storm, que é mais fatal do que obtê-lo de um Wither regular. Um creeper sopra atrás deles, fazendo o chão dar lugar a uma biblioteca, onde Jesse encontra Ivor. Gabriel ou Petra aparecem para ajudar Jesse, e os três lutam com espadas e poções. Os amigos de Jesse se mostram para detê-lo, mas Ivor os atinge com uma poção de lentidão, deixando-os para trás para que Ivor possa matar Ellegaard e Magnus, além de demolir o mundo de "Minecraft".